La storia dei primi anni della Prepositurale SS. Pietro e Paolo è povera di informazioni: la prima certezza della sua esistenza la si trova nella Bolla Pontificia “Quotiens illud a nobis petitur” di papa Alessandro III del 1169. Era dedicata inizialmente a Santa Maria ed appartenente alla pieve di Nerviano.

Viene elencata nel “Libro delle notizie” di Goffredo da Bussero un secolo dopo e doveva essere la prima dimora del rettore spirituale dell’allora piccolo borgo.

Nel 1385, in un contratto di affitto, viene menzionato il sacerdote Francesco Regna con il titolo di “Benificale della chiesa di Santa Maria e San Pietro, nel Contado di Milano”. Nel 1410 viene nominata la chiesa nel testamento di Cristoforo Carcano. San Carlo Borromeo ha voluto ordinare la dedicazione della chiesa, che riceveva il titolo di San Pietro, a cui si aggiunge San Paolo.

Dal 1620 al 1740 la chiesa si arricchisce del presbiterio, della cappella di San Carlo (1625), della SS. Trinità (antecedente al 1692), Sacre Reliquie (1740), San Gerolamo (1669) e realizza altre non indifferenti modifiche.

Saronno agli inizi del 1700, non godeva di una provostura, sebbene richiesta e desiderata. Il tanto sospirato titolo arrivò per la benevolenza del Cardinale Arcivescovo Benedetto Odescalchi che ottenne dal papa Benedetto XIII.

Nel suo Cronicon il prevosto Cozzi riferisce un divertente episodio. Nell’intervallo tra la creazione e la concessione delle insegne, l’invidia dei lainatesi li spinse ad appendere più volte  cenci e bastoni ornati con zucche rotonde  alla porta parrocchiale. Il primo prevosto, Calastro Bartolomeo, si rifece subito ottenendo che il suo bastone andasse fregiato di un pomo semidoppio, che i prevosti si tramandarono finché nel 1884 venne rubato.

Nella seconda metà del ‘700 si faceva sempre più pressante la necessità di ampliare la chiesa, ma controversie ed ostacoli fecero si che solo nel 1896, con don Andrea Guidali, si poté costituire una commissione ed il progetto fu attuato nel 1902. L’opera finita nel 1904 riuscì di completa soddisfazione per tutti e fu solennemente consacrata.

Nel 1915 l’apertura della via Leopardi dava maggior risalto alla facciata. Il papa Pio XI, nato a Desio da madre saronnese (Teresa Galli), con Breve apostolico Ad perpetuam rei memoriam, del 3 febbraio 1923, concesse in perpetuo ai Preposti (Parroci) e Vicari Foranei di alcune più distinte parrocchie, fra cui Saronno, dell’Arcidiocesi di Milano la facoltà di portare, nelle solenni liturgie, la mitria bianca e la veste violacea e di fregiarsi del titolo di monsignore. Con Atto Arcivescovile, del 26 giugno 1937, il Cardinal Alfredo Ildefonso Schuster, poi beatificato, notificava ad alcune delle maggiori Basiliche Prepositurali della Arcidiocesi dedicate ai SS. Pietro e Paolo, fra cui quella di Saronno, l’assenso alla  loro aggregazione  alla Sacrosanta Patriarcale Basilica Vaticana, come accordato, il 13 giugno del medesimo anno 1937, dal Rev.mo Capitolo Vaticano. Inoltre si  dispose per l’apposizione, sulla facciata delle chiese aggregate, dello stemma (insegna) in marmo della Sacrosanta Patriarcale Basilica Vaticana. Monsignor Croci, nel 1926, iniziò la decorazione della chiesa, che fu terminata nel 1936.

Vi lavoravano pittori come Giuseppe Ravanelli (battistero, affreschi e vetrate degli altari della Madonna e del Crocefisso, cupola) e Pasetti da Arcisate (le figure dei santi e le corrispondenti vetrate, con gli affreschi che sono a lato delle vetrate nelle cappelle): Il pittore Alessandro Carugati ha eseguito la vetrata della consegna delle chiavi a San Pietro. Dipinti antichi sono soltanto quelli che si trovano nel controfacciata: l’Eterno Padre, attribuito a Gaudenzio Ferrari e le tele di Sant’Ambrogio (attribuita al Legnanino) e di San Carlo. La statua dell’Immacolata, che era in S. Francesco, è del sec. XVIII, il venerato Crocifisso è dello stesso periodo. La facciata è un tipico organismo architettonico ispirato ai modelli classici del passato, viene da un’idea dell’architetto Galliori e fu realizzata dall’ingegner Cantù.

Più recente è la sistemazione del nuovo altare, secondo le norme liturgiche, che e stata fatta da Monsignor Ugo Ronchi. Fu il Cardinale Giovanni Colombo a consacrarlo il 18 marzo del 1979. Da ultimo la sistemazione del coro. Quando fu soppresso il Convento di San Francesco, furono portati in Prepositurale la statua dell’Immacolata e il coro, che ha trovato posto nell’abside fino al 1992, quando è stato riportato al suo posto originario e sostituito da nuovo coro.

L’attuale assetto della chiesa è frutto di tanto lavoro, segno del lavoro spirituale, della vita di fede della comunità saronnese, che nel frattempo è cresciuta ed affronta le sfide oggi lanciate ai credenti.